В соответствии со ст. 412 ТМК РФ (если иное не предусмотрено Таможенным кодексом РФ и иными федеральными законами) вышестоящий таможен­ный орган или вышестоящее должностное лицо в любое время в порядке ведомственного контроля вправе отменить или изменить не соответствующее требованиям законодательства Российской Федера­ции решение нижестоящего таможенного органа или нижестоящего должностного лица таможенного орга­на, а также принять любые предусмотренные зако­нодательством меры в отношении неправомерных действий (бездействия) нижестоящих таможенных органов или нижестоящих должностных лиц.

Обеспечение соблюдения таможенного и иного законодательства, в том числе и таможенными орга­нами и их должностными лицами, является одним из полномочий ФТС России, закрепленных в поло­жении о нем. Руководство, обеспечение, координация и контроль за деятельностью нижестоящих таможенных органов входит также в перечень ос­новных задач региональных таможенных управле­ний и таможен.

Ведомственный контроль за деятельностью тамо­женных органов осуществляется по трем направле­ниям: инспекционному, финансовому и юридическому. Инспекционный контроль за деятельностью та­моженных органов осуществляется подразделениями таможенной инспекции, основной функцией ко­торой является инспекционная проверка на конк­ретных участках работы нижестоящих таможенных органов (например, проверка работы по сбору таможенных платежей и перечислению их в федеральный бюд­жет), выявление и анализ причин и условий, способ­ствующих возникновению негативных явлений в деятельности таможенных органов, обобщение их результатов и представление предложений об устра­нении выявленных причин и условий.

Финансовый контроль за деятельностью таможен­ных органов осуществляет Главное финансово-эко­номическое управление ФТС России и подчиненные ему отделы бухгалтерского учета и контроля тамо­женных органов. На данные отделы в числе прочих задач возложены задачи по организации финансо­вого и бухгалтерского учета и контроля за рацио­нальным и экономным использованием материаль­ных и финансовых ресурсов, которыми располагает тот или иной таможенный орган.

Юридический контроль в таможенных органах осуществляется подразделениями юридической службы – Правовым управлением ФТС России и подчиненными ему правовыми отделами региональ­ных таможенных управлений и таможен. Основны­ми задачами юридической службы по контролю законностью таможенных органов являются:

· использование правовых средств для обеспечения соблюдения законности таможенными органами и их должностными лицами;

· осуществление контроля за соответствием действующему законодательству проектов нормативных и иных правовых актов, которые представляются на подпись руководству таможенных органов.

Осуществление общего надзора за деятельностью таможенных органов и их должностных лиц входит в компетенцию прокуратуры, на которую Конституцией РФ возложено осуществление от имени Российской Федерации надзора за исполнением действующих на территории законов, обеспечение их верховенства, течение единства и укрепление законности, защиты прав и свобод человека и гражданина, интересов общества и государства.

Органы прокуратуры, как и ее государственные органы, имеют свою подведомственность, которая определена приказом Генерального прокурора РФ от 9 апреля 1996 г. «О разграничении компетенции территориальных прокуроров и про­куроров специализированных прокуратур». В соответствии с этим приказом прокурорский надзор за деятел­ьностью таможенных органов осуществляют специализированные прокуратуры, например, транспортные, систему которых возглавляет Управление Генеральной прокуратуры РФ по надзору за исполнением законов на транспорте и в таможенных органах.