Таможенный кодекс РФ от 18 июня 1993 г. возложил все таможен­ные дела непосредственно на таможенные органы РФ. Таможен­ный орган представляет собой государственный правоохранительный орган ис­полнительной власти, наделенный специальными полномочиями власти в целях выполнения возложенных на него задач и функций в сфере таможенного дела и в других связанных с ним областях, в том числе в налоговой сфере и в сфере валютного контроля.

Система таможенных органов РФ основа­на на принципе единства и включает в себя: Государственный таможенный комитет РФ (ГТК РФ), Региональные таможенные управления РФ, таможни и таможенные посты РФ, находящиеся в иерархической соподчиненности. Цен­тральным органом, осуществляющим непосредственное руково­дство таможенным делом, является ГТК РФ, который издает в пределах компетенции нормативные акты по таможенному делу, соз­дает, реорганизует и ликвидирует региональные таможенные управления и таможни.

В сфере налогов полномочия таможенных органов распростра­няются на НДС, акцизы на ввозимые на таможенную территорию РФ и вывозимые с этой территории товары, таможенную пошлину. В целом права и обязанности таможенных органов по кон­тролю соблюдения налогового законодательства при переме­щении товаров через таможенную территорию РФ идентичны с правами и обязанностями государственных налоговых инспекций.

В соответствии со ст. 120 Таможенного кодекса РФ, налоги и таможен­ные пошлины уплачиваются таможенному органу РФ, осуществ­ляющему таможенное оформление товаров и транспортных средств, до принятия или одновременно с принятием таможен­ной декларации, и затем полученные средства перечисляются в фе­деральный бюджет или в бюджет субъекта Федерации.