Порядок составления смет расходов и затрат научно-исследовательских организаций за последнее время в основном сохранился, за исключением введения кодификации статей расходов. На основе государственных заказов, прямых договоров с заказчиками определяется объем работ научно-исследовательских организаций. Смета бюджетного научно-исследовательского учреждения составляется по статьям затрат и содержит такие разделы, как свод расходов; расчет расходов на содержание аппарата управления;
общие сведения, включая перечень организаций, подчиненных научному учреждению; расчет производственных показателей (численность работников по категориям, отдельно — численность аспирантов); расчет расходов по статьям затрат; распределение объема затрат по видам работ, структурным подразделениям и темам.
Функциональная классификация расходов бюджетов РФ предусматривает раздел «Фундаментальные исследования и содействие научно-техническому прогрессу» с подразделами «Фундаментальные исследования в области естественных, технических и общественных наук», «Разработка перспективных технологий и приоритетных направлений научно-технического прогресса» и «Исследование и использование космического пространства». Ведомственная классификация расходов бюджетов РФ включает в себя и оплату услуг научно-исследовательских организаций.
В 1996 г. принят Федеральный закон «О науке и государственной научно-технической политике». В законе сформированы основополагающие принципы по широкому спектру вопросов научной и научно-технической деятельности. Этот закон также регулирует отношения, возникающие между государством и участниками научной и научно-технической деятельности, отношения участников этих видов деятельности между собой и с потребителями научной продукции, работ и услуг, определяет принципы формирования и реализации государственной научно-технической политики.
Закон устанавливает, что определение основных направлений государственной научно-технической политики и выбор приоритетных направлений развития осуществляется с использованием различных форм общественных обсуждений, экспертиз и конкурсов. Предусмотрено, что на финансирование науки в федеральном бюджете должно предусматриваться не менее 4 % его расходной части. Федеральные программы, приоритетные прикладные научные исследования и экспериментальные разработки финансируются за счет средств федерального бюджета, фондов поддержки научной деятельности, а также в порядке долевого участия за счет средств организаций, объединений, банков и других субъектов хозяйствования. В порядке долевого участия могут финансироваться научно-технические программы, сформированные и реализуемые на основе международных и межотраслевых научно-технических соглашений, научно-технические программы создания новой техники и технологии двойного применения.