Развитие теории региональной экономики осуществляется по двум направлениям: расширение и углубление содержания (предмета) исследований и  усиление методологии исследований, в особенности применение математических методов и информатики. В соответствии с общей структурой теории региональной экономики интерес представляют современных направления развития теоретических иссле­дований: новые парадигмы и концепции региона; размещение деятельности; пространственная организация экономики; межрегиональные взаимодействия. В трудах основоположников региональной экономики регион выступал как сосредоточение природных ресурсов и населения, производства и потребле­ния товаров, сферы обслуживания и не рассматривался как субъект экономических отношений, носитель особых экономических интересов. В современных теориях регион исследуется как многофункциональная и многоаспектная система. Наиболее распространены парадигмы региона: регион – квазигосударство, регион – квазикорпорация, регион – рынок и регион – социум.

Регион как квазигосударство представляет собой относительно обособ­ленную подсистему государства и национальной экономики. Часто регионы аккумулируют все больше функций и финансовых ресурсов, ранее принадлежавших «центру», то есть происходят процессы децентрализации и федера­лизации. Одна из главных функций региональной власти – регулирование экономики региона. Взаимодействие общегосударственных (федеральных) и региональных властей, а также разные формы межрегиональных эконо­мических отношений, например, в рамках межрегиональных ассоциаций экономического взаимодействия, обеспечивают функционирование региональ­ных экономик в системе национальной экономики.

Регион как квазикорпорация представляет собой крупный субъект собственности и экономической деятель­ности. В этом качестве регионы становятся участниками конкурентной борьбы на рынках товаров, услуг и капитала. Регион как экономический субъект взаимо­действует с национальными и транснациональными корпорациями. Разме­щение штаб-квартир и филиалов корпораций, их механизмы ценообразо­вания, распределения рабочих мест и заказов, трансфертов доходов, уплаты налогов и др. оказывают значительное влияние на экономическое положение регионов.

В степени, сравнимой с современными корпорациями, регионы обладают значительным ресурсным потенциалом для саморазвития. Расширение экономической самостоятельности регионов путем передачи экономических прав от «центра» является одним из главных направлений рыночных реформ.

Подход к региону как к рынку, имеющему определенные границы (ареал), акцентирует внимание на общих условиях экономической деятельности (пред­принимательский климат) и особенностях региональных рынков различных товаров и услуг, труда, кредитно-финансовых ресурсов, ценных бумаг, инфор­мации, знаний и пр. Исследования в рамках данного подхода иногда выделяют в особую дисциплину – региональное рынковедение.

Подход к региону как к социуму – общности людей, живущих на опреде­ленной территории – выдвигает на первый план воспроизводство социальной жизни, то есть населения и трудовых ресурсов, образования, здравоохранения, куль­туры, окружающей среды, и развитие системы расселения. Изучение ведется в разрезе социальных групп с их особыми функциями и интересами. Этот подход шире экономического, поскольку включает культурные, образо­вательные, медицинские, социально-психологические, политические и другие аспекты жизни регионального социума, синтезу которых региональная наука уделяла большое внимание.

В теории региональной экономики развиваются и другие специализиро­ванные подходы, например, регион как подсистема информационного общества или регион как непосредственный участник интернационализации и глобализации экономики.

Теории развития региона опираются на достижения макроэкономики, микроэкономики, институциональной экономики и других направлений современной экономической науки. Сходство региона и национальной экономики определяет возможности применения для региона макроэкономических теорий, ставящих во главу угла производственные факторы, производство, занятость и доходы. Теории региональной макроэкономики ближе соответствуют парадигме «регион как квазигосударство», что более адекватно для однородных (гомогенных) регионов.

Микроэкономические теории целесообразно привлекать, если представление региона как точки или однородного пространства недостаточно и требуется принимать во внимание внутренние различия, как для узлового или поляризованного региона. Такая теория и методология больше соответствует парадигмам «регион как квазикорпорация» и «регион как рынок». Эволюция теории региона отражает повышение роли «нематериальных» целей и факторов экономического развития, возможности междисциплинарных знаний и перехода регионов на модель устойчивого развития.