Вооруженные Силы РФ строятся не по территориальному принципу, поэтому территориальные прокуратуры не могут заменить и подсистему военной прокуратуры.

Военные прокуратуры возглавляет Главная военная прокуратура (ГВП), которая является структурным подразделением Генеральной прокуратуры РФ.

Органы военной прокуратуры организуются в соответствии с принципами строительства Вооруженных Сил и Военно-морского Флота и включают:

· Главную военную прокуратуру, прокуратуры военных округов, групп войск, флотов, прокуратуру Ракетных войск стратегического назначения, прокуратуру Федеральной пограничной службы Российской Федерации и прокуратуры других войск, приравненные к прокуратурам субъектов Федерации;

· прокуратуры гарнизонов, объединений и соединений, приравненные к прокуратурам городов и районов. Все перечисленные органы военной прокуратуры возглавляет заместитель Генерального прокурора РФ – Главный военный прокурор.

Структуру и штаты органов военной прокуратуры устанавливает Генеральный прокурор РФ.

Заместитель Генерального прокурора РФ – Главный военный прокурор, как и иные заместители, назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Генерального прокурора РФ. Все военные прокуроры назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором РФ. Они подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору РФ.

Свои полномочия органы военной прокуратуры осуществляют в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках и воинских формированиях, созданных в соответствии с федеральными законами (п. 4 ст. 46 ФЗ «О прокуратуре Российской Федерации»). Их компетенция распространяется на органы военного управления, воинские части, учреждения, военные комиссариаты, военно-учебные заведения, предприятия, организации подразделения Министерства обороны, Федеральную службу охраны, Федеральную пограничную службу, службу внешней разведки, Федеральное агентство правительственной связи и информации, Федеральную службу железнодорожных войск, Главное командование внутренних войск Министерства внутренних дел РФ МВД РФ), на органы и подразделения Федеральной службы безопасности (ФСБ), а также воинские формирования других министерств и ведомств.

Особый режим организации и деятельности предприятий и иных объектов оборонного комплекса страны, специфика его структуры и управления предопределяют необходимость функционирования прокуратур войсковых частей.

Прокуратура войсковой части является специализированной прокуратурой, действующей в закрытых административно-территориальных образованиях, на особо режимных объектах и в специальных воинских формированиях по осуществлению надзора за исполнением законов, иных возложенных на прокуратуру функций. Структура отрасли оборонного комплекса в силу его общефедерального характера не совпадает с административно-территориальным делением страны, что и предопределяет необходимость соответствующих организаций и специализированных прокуратур.

Производственная инфраструктура и обслуживающие ее войсковые части нередко расположены на территории нескольких субъектов Федерации. Применительно к структуре оборонного комплекса организуются подразделения служб ФСБ и милиции, поднадзорные прокуратуре. При организации прокуратур войсковых частей учитывается также, что управление оборонным комплексом и обслуживающих его структур ФСБ,

МВД, воинских частей имеет двухзвенный характер; предприятия и учреждения, обеспечивающие их органы ФСБ, МВД, воинские части непосредственно подчиняются соответствующим министерствам и ведомствам. Прокурор воинской части, осуществляющий надзор за исполнением законов указанными органами, подчиняется непосредственно Генеральной прокуратуре РФ (курирующее подразделение – второе управление) и наделен полномочиями обращаться непосредственно в соответствующие федеральные министерства и ведомства.

В соответствии с приказом Генерального прокурора РФ прокуроры войсковых частей осуществляют надзор за исполнением законов органами местного самоуправления, предприятиями, организациями, учреждениями в закрытых административно-территориальных образованиях, на особо важных и особо режимных объектах, органами военного управления, специализированными военно-строительными и иными воинскими формированиями, занятыми на строительстве, в охране и эксплуатации названных объектов, а также ведающими ими территориальными органами соответствующих министерств и ведомств.

Органы прокуратуры войсковых частей расследуют дела о всех преступлениях, совершенных на особо важных и особо режимных объектах, а также за их пределами, если они непосредственно связаны с деятельностью этих объектов. Они расследуют и преступления, совершенные военными строителями и военнослужащими войсковых частей, прикомандированных к этим объектам.