Повышение эффективности деятельности прокуратуры в учреждениях уголовно-исполнительной системы может быть обеспечено путем согласованной деятельности специализированных и территориальных прокуратур ввиду ее однотипности.

Специализированные прокуратуры по надзору за соблюдением законов при исполнении уголовных наказаний созданы в целях усиления влияния на состояние законности при исполнении уголовного наказания в виде лишения свободы и иных мер принудительного характера, назначаемых судом. Эти прокуратуры действуют на правах районных прокуратур с подчинением прокурорам соответствующих субъектов Федерации.

На эти прокуратуры возложен надзор за соблюдением законов в исправительных учреждениях уголовно-исполнительной системы, администрацией этих учреждений, а также специальных подразделений по обеспечению безопасности объектов этой системы.

Организация специализированных прокуратур должна отвечать требованиям системного подхода. Все они являются элементами единой системы органов прокуратуры. Соответственно на каждую из них распространяются общие принципы организации и деятельности прокуратуры. Военная и транспортные прокуратуры, прокуратуры войсковых частей представляют собой целостные подсистемы единой системы прокуратуры. Природоохранные прокуратуры и прокуратуры по надзору за исполнением законов в исправительных учреждениях относятся к смешанным подсистемам, включающим деятельность территориальных прокуратур в сфере экологии и законности в исправительных учреждениях.

Условием успешности деятельности по обеспечению законности является надлежащее взаимодействие всей системы специализированных прокуратур, а также с территориальными прокуратурами.

Учитывая специфику деятельности, а также межтерриториальную поднадзорность, специализированные прокуратуры в сравнении с территориальными более гарантированы от местных влияний, обеспечивают более тесное взаимодействие со специализированными контролирующими органами, целенаправленную деятельность по обеспечению законности в соответствующих сферах правовых отношений, более высокую специализацию прокурорских работников и результативность их работы.