Руководство деятельностью Минюста России осуществля­ет Президент РФ.

Возглавляет Минюст России министр юстиции РФ, кото­рый назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ по представлению Председателя Правитель­ства РФ. Министр несет персональную ответственность за вы­полнение возложенных на Минюст России задач и реализа­цию государственной политики в установленной сфере дея­тельности. Министр юстиции может иметь двух заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Президентом РФ по представлению Председателя Правитель­ства РФ.

Система Минюста России состоит из центрального аппара­та, территориальных органов, а также федеральных государ­ственных учреждений, которые созданы для реализации задач в установленной сфере деятельности Минюста России.

Структурными подразделениями центрального аппарата Минюста России являются девять департаментов по основ­ным направлениям деятельности, в состав которых могут вхо­дить отделы. Кроме того, в центральном аппарате Минюста России имеется экспедиция, архив, бухгалтерия. Возглавляют департаменты и отделы начальники, которые имеют замести­телей.

В Минюсте России образуется коллегия в составе: мини­стра (председатель коллегии), его заместителей, руководите­лей подведомственных Минюсту России федеральных служб, входящих в нее по должности, а также других лиц.

Состав коллегии Минюста России (кроме лиц, входящих в нее по должности) утверждается Президентом РФ. Коллегия Минюста России рассматривает наиболее важные вопросы деятельности органов юстиции. Решения коллегии принима­ются боль

шинством голосов ее членов. На основании реше­ний коллегии при необходимости могут издаваться приказы Минюста России.

В Минюсте России образуется научно-консультативный со­вет. Состав совета и положения о нём утверждаются министром юстиции РФ.

При Минюсте России создаются как образовательные уч­реждения (Российская правовая академия Минюста России), так и судебно-экспертные учреждения Минюста России. Фе­деральную систему экспертных учреждений Минюста России составляют:

1) Российский Федеральный центр судебной экспертизы (РФЦСЭ);

2) региональные центры судебной экспертизы (РЦСЭ);

3) центральные лаборатории и лаборатории судебной экс­пертизы (ЦЛСЭ);

Российский Федеральный центр судебной экспертизы (РФЦСЭ) – головное учреждение системы Минюста России. В данном судебно-экспертном учреждении наряду с теорети­ческими и методическими разработками выполняют различные виды криминалистических, биологических, автотехнических экспер­тиз; бухгалтерские, планово-экономические и инженерно-тех­нические экспертизы, в том числе повторные и сложные, ко­торые не могут выполниться в других учреждениях по ка­ким-либо причинам. Российский Федеральный центр судебной экспертизы является юридическим лицом, имеющим бюджетный и иные, в том числе валютный, счета в учреждениях банков, печать с изображением Государственно­го герба РФ и со своим наименованием, а также другие печати, штампы и бланки, необходимые для осуществления своей де­ятельности.

Региональные центры судебной экспертизы, цен­тральные лаборатории  и лаборатории судебной экс­пертизы являются государственными учреждениями, выполняющими экспертные исследования для судов и право­охранительных органов. Свою деятельность ЦЛСЭ и ЛЦЭ ре­гулируют на основании приказа Минюста России от 17 января 1995г. № 19-01-7-95 «Положение о лабораториях судебной экспертизы и центральных лабораториях судебной эксперти­зы системы Министерства юстиции РФ». Лаборатории являются юридическими лигами, имеющими бюджетные и иные счета в учреждениях банков, печать с изображением Государ­ственного герба РФ и со своим наименованием, а также другие печати, штампы и бланки, необходимые для осуществлений своей деятельности. Лабораторию возглавляет начальник, назначаемый на должности министром юстиции РФ. Кроме этого, в лабораториях создаются отделы и специализированные группы (в том числе вне места нахождения лаборатории), действующие в соответствии с положениями о них, утверждае­мыми начальником лаборатории.

Кроме того, в Минюст России входят:

· федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН);

· Федеральная регистрационная служба (Росрегистрация);

· Федеральная служба судебных приставов (ФССП РФ).