В соответствии с ч. 4 ст. 402 ТМК РФ в единую федеральную централизованную систему таможенных органов России помимо таможенных органов входят и являющиеся правоохранительными органами учреждения, которые учреждаются ФТС России и служат для обеспечения деятельности таможенных органов при выполнении ими своих задач и функций. Для проведения экспертиз и исследований това­ров в таможенных целях в системе таможенной службы действует целый ряд таможенных лабораторий во главе с Главной таможенной лабораторией (ГТЛ).

Помимо ГТЛ в таможенной системе действует также целый ряд региональных таможенных лабораторий (например, Южная таможенная лаборатория в г. Ростове-на-Дону и др.), которые, как и ГТЛ, являются экспертно-исследовательскими учреждениями ГТК России, обладают статусом юридического лица, име­ют самостоятельный баланс, печати, а также текущие счета по федеральному бюджету и спецсредствам.

Для проведения научно-исследовательских работ в области таможенного дела и повышения эффективно­сти работы таможенных органов путем создания, вне­дрения и эксплуатации Единой автоматизированной информационной системы (ЕАИС) таможенных орга­нов в структуре ФТС России создан Главный научно-информационный вычислительный центр (ГНИВЦ) – государственное учреждение, действующее на основе соответствующего устава о нем. В этом учреждении в известной мере сочетаются черты научно-информаци­онного учреждения и вычислительного центра.

Основными задачами и функциями ГНИВЦ яв­ляются: создание, внедрение и эксплуатация ЕАИС таможенных органов, а также обеспечение ее жизне­деятельности. В частности, задачами ГНИВЦ яв­ляются: сбор и автоматизирован­ная обработка исходной информации, ведение тамо­женной статистики внешней торговли и специаль­ной таможенной статистики, внедрение системы классификации и кодирования товаров, таможенного тарифа, общероссийских и отраслевых классификаторов.

В системе ФТС России действует и специализированное учебное заведение – Российская таможенная академия (РТА), а также три ее филиала: в Санкт-Петербурге, в Ростове-на-Дону и во Владивостоке. Российская таможенная академия является ведущим в России учебно-методическим, научным и информационно-аналитическим цен­тром по решению проблем, связанных с деятельнос­тью таможенной системы. Она действует на основе Устава таможенной академии, утвержденного приказом ГТК России от 14 апреля 1994 г. Обучение в академии осуществляется по очной, очно-заочной и заочной формам на трех факультетах: экономичес­ком, юридическом и факультете таможенного дела. Кроме описанных, в системе таможенных ор­ганов действует еще целый ряд других специализиро­ванных учреждений, основная цель которых, как уже отмечалось, – обеспечение решения таможенными органами поставленных перед ними задач и функций.