Единую систему таможенных органов России в общем виде можно определить как обусловленную функциональной общностью совокупность самостоятельных звеньев, характеризующуюся едиными целями и задачами, а также вертикальной подчиненностью нижестоящих звеньев вышестоящим. При этом каждый орган в соответствии со своим местом и положением в общей системе играет определенную роль, выполняя больший или меньший объем функций, возложенных государством на таможенные органы в целом.

Эта система имеет четыре звена:

· федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела, каковым является Федеральная таможенная служба (ФТС) России;

· региональные таможенные управления;

· таможни;

· таможенные посты.

Четырехзвенная структура системы таможенных органов имеет законодательное закрепление и отра­жена в ч. 1 ст. 402 ТМК РФ.

Взаимоотношения в системе таможенных органов основываются на принципе сочетания централизации и децентрализации. Централизация выражается в стро­гой иерархической подчиненности и подконтрольнос­ти нижестоящих органов системы таможенных орга­нов вышестоящим. Децентрализация проявляется в наличии у каждого таможенного органа строго опре­деленной компетенции по осуществлению таможенного дела на подведомственной ему территории и сочета­нии единого централизованного руководства с иници­ативой и ответственностью нижестоящих таможенных органов за выполнение возложенных на них функций.

Таможенные органы выполняют возложенные на них функции на единой правовой основе. Единство системы таможенных органов подчеркнуто также на­личием у них единой государственной символики: все таможенные органы имеют свой флаг; находящиеся в их распоряжении морские и речные суда – вымпел; а автотранспортные средства и воздушные суда – опоз­навательный знак (эмблему таможенных органов).