Деятельность таможенных органов как органов исполнительной власти (органов управления) выра­жается в выполнении возлагаемых на них государ­ством функций.

Классификация функций управления в научной и учебной литературе проводится различными авторами не однозначно. Основными критериями классификации являются объект и субъект управления. Объектом управления применительно к деятельности таможенных органов являются правовые, эконо­мические и организационные основы таможенного дела, направленные на защиту экономического суверенитета экономической безопасности России, активизацию российской экономики с мировым хозяйством, обеспечение защиты прав граждан, хозяйствующих субъектов и государственных органов и соблюдение обязанностей в области таможенного дела.

Субъектами управления в сфере таможенного дела являются таможенные органы России, в систему которых входят: ФТС России, региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты.

Функции, осуществляемые субъектами управления, подразделяются на основные (отраслевые) и обеспечивающие (функциональные).

В соответствии с положениями ст. 403 ТМК РФ таможенные органы выполняют следующие основные функции:

1) осуществляют таможенное оформление и таможенный контроль, создают условия, способствующие ускорению товарооборота через таможенную границу;

2) взимают таможенные пошлины, налоги, антидемпинговые, специальные и компенсационные пошлины, таможенные сборы, контролируют правильность исчисления и своевременность уплаты пошлин, налогов и сборов, принимают меры по их принудительному взысканию;

3) обеспечивают соблюдение порядка перемещения товаров и транспортных средств через таможенную границу;

4) обеспечивают соблюдение установленных в соответствии с законодательством о государственном регулировании внешнеторговой деятельности и меж­дународными договорами России запретов и огра­ничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу;

5) обеспечивают в пределах своей компетенции защиту прав интеллектуальной собственности;

6) ведут борьбу с контрабандой и иными преступ­лениями, административными правонарушениями в сфере таможенного дела, пресекают незаконный обо­рот через таможенную границу наркотических средств, оружия, культурных ценностей, радиоактивных ве­ществ, видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, их частей и дериватов, объек­тов интеллектуальной собственности, других товаров, а также оказывают содействие в борьбе с междуна­родным терроризмом и пресечении незаконного вмешательства в российских аэропортах в деятельность международной гражданской авиации;

7) осуществляют в пределах своей компетенции ва­лютный контроль операций, связанных с перемеще­нием товаров и транспортных средств через таможен­ную границу, в соответствии с законодательством Рос­сии о валютном регулировании и валютном контроле;

8) ведут таможенную статистику внешней торможенной торговли;

9) обеспечивают выполнение международных обязательств России в части, касающейся таможенного дела, осуществляют сотрудничество с таможенными и иными компетентными органами иностранных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела;

10) осуществляют информирование и консультирование в области таможенного дела, обеспечивают в установленном порядке государственные органы, организации и граждан информацией по таможенным вопросам;

11) проводят научно-исследовательские работы в области таможенного дела.

К обеспечивающим функциям таможенных органов относятся кадровая, финансово-плановая, материально-техническая и другие функции организационного характера.

Перечень функций таможенных органов конкретизирован и детализирован в постановлении Правительства РФ от 26 июля 2006 г. № 459 «О федеральной таможенной службе», а также в общих положениях о других тамож­енных органах Российской Федерации.