В соответствии с указом Президента РФ от 11 мая 2006г. №473 «Вопросы Федеральной таможенной службы» руководство Федеральной таможенной службой осуществляет Правительство Российской Федерации. Функции Министерства экономического развития и торговли Российской Федерации по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в области таможенного дела переданы Федеральной таможенной службе. Назначение на должность руководителя Федеральной таможенной службы и его заместителей и их освобождение от должности осуществляется Правительством Российской Федерации. Начальники региональных таможенных управлений и таможен, а также иные должностные лица и работники таможенных органов Российской Федерации назначаются на должность и освобождаются от должности в порядке, устанавливаемом руководителем Федеральной таможенной службы.

Федеральная таможенная служба в соответствии с утвержденным постановлением Правительства РФ от 26 июля 2006 г. № 459 «О федеральной таможенной службе» Положе­нием о Федеральной таможенной службе является федеральным органом исполнительной власти, осуще­ствляющим в соответствии с законодательством Рос­сийской Федерации функции по контролю и надзору в области таможенного дела, а также функции агента валютного контроля и специальные функции по борь­бе с контрабандой, иными преступлениями и админи­стративными правонарушениями в области таможен­ного дела. Федеральная таможенная служба нахо­дится в ведении Правительства РФ.

Как федеральный орган исполнительной власти ФТС России в своей деятельности руководствуется Конституцией РФ, федеральными конституционны­ми законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента РФ, постановлениями и распоряжениями Правительства РФ, международ­ными договорами Российской Федерации, Министерства финансов и Центрального банка РФ, а также упомянутыми положениями о ней.

Федеральная таможенная служба осуществляет деятельность непосредственно через таможенные представительства ФТС России за рубежом во взаимодействии с другими органами федеральной исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, а также Центральным банком РФ общественными объединениями и организациями.

Постановлением Правительства РФ от 26 июля 2006 г. № 459 установлено, что ФТС России осуществляет:

· функции по выработке государственной политики и нормативному правому регулированию контролю и надзору в области таможенного дела;

· функции налогового агента валютного контроля;

· специальные функции по борьбе с контрабандой, иными преступлениями и административными правонарушениями.

Федеральная таможенная служба осуществляет полномочия указанные в положении «О Федеральной таможенной службе».

Возложенные на ФТС России функции и полно­мочия определяют его внутреннюю организационную структуру, состоящую из руководства ФТС России, которое, в свою очередь, состоит из Руководителя ФТС России, его заместителей и коллегии ФТС России, а также – из аппарата ФТС России, в состав которого входят главные управления и управления, создаваемые в соответствии с функциями и основными направлениями деятельности системы таможенных органов.

Федеральная таможенная служба является юридическим лицом со всеми присущими статусу юридического лица признаками, имеет: печать с изображением Государственного герба РФ и со своим наименованием, иные печати, штампы и бланки уста­вленного образца, а также счета, открываемые в соответствии с законодательством Российской Федерации. Кроме того, ФТС России имеет геральдический знак – эмблему, флаг и вымпел, утверждаемые в установленном порядке.

Финансирование деятельности ФТС России и под­чиненных ему таможенных органов осуществляет­ся за счет средств федерального бюджета, а также иных источников, установленных законодательством Российской Федерации. Место нахождения Феде­ральной таможенной службы – г. Москва.