В соответствии с положениями ч. 2 ст. 402 ТМК РФ федеральный орган исполнительной власти, упол­номоченный в области таможенного дела, вправе создавать так называемые «специализированные та­моженные органы», компетенция которых, в отличие от обычных, ограничивается отдельными право­мочиями для выполнения некоторых функций, возложенных на таможенные органы, либо для совершения таможенных операций в отношении определенных видов товаров. В соответствии с п. 6.1 Положения о Федеральной таможенной службе созда­ние таких специализированных таможенных орга­нов – это компетенция ФТС России.

Специализированные РТУ – это региональные та­моженные управления, регионом деятельности кото­рых является вся таможенная территория Российс­кой Федерации. Они созданы для организации и непос­редственного руководства теми или иными направле­ниями деятельности таможенных органов (например, реализацией задач обеспечения радиоэлектронной бе­зопасности объектов таможенной инфраструктуры и противодействия техническому проникновению на них, осуществлением специальных операций, и пр.).

Первое специализированное РТУ (Региональное таможенное управление по борьбе с таможенными правонарушениями) было создано в 1995 г. в целях организации в таможенных органах эффективной работы по выявлению, предупреждению, пресечению и расследованию таможенных правонарушений. Впоследствии на его базе было создано Главное уп­равление по борьбе с контрабандой ГТК России (впос­ледствии – ФТС России).

Специализированные таможни и таможенные посты – это таможни и таможенные посты, специа­лизирующиеся на регулировании таможенно-правовых отношений при определенных обстоятельствах. Так, например, Чкаловская таможня специализиру­ется на таможенном оформлении и таможенном кон­троле военно-транспортной авиации в Московской области; Центральная энергетическая таможня – на таможенном контроле за перемещением энергоно­сителей через таможенную границу Российской Фе­дерации; так называемые «оперативные таможни», действующие в каждом таможенном регионе, специализируются на борьбе с контрабандой и иными таможенными правонарушениями; акцизные таможенные посты, также существующие в каждом таможенном регионе, – на таможенном оформлении и таможенном контроле подакцизных товаров. И таких примеров еще много.