В 70-х годах ХХ века ряд крупных зарубежных фирм в странах Европы и Америки понесли чувствительные финансовые потери: им были предъявлены иски за нанесение ущерба окружающей среде. Для предотвращения подобных финансовых потерь предприятия предприняли превентивные меры по проверке своей деятельности на предмет ее соответствия требованиям законодательства по охране окружающей среды. По некоторым признакам такой подход соответствовал финансовому аудиту, и поэтому получил название экологического аудита.

В середине 1980-х экологический аудит получил широкое распространение в развитых странах. В России этот вид деятельности находится в начальной стадии, пока находится в стадии разработки закон по аудиторской деятельности. Работы в этой области регулируются Временными правилами аудиторской деятельности в РФ, утвержденными указом президента № 2263 от 22.12.93.