Судебная система состояла из трех частей: государственной, церковной и местной (вотчинной). Суд не был отделен от администрации. Судебные функции выполняли органы управления.

Государственный суд осуществляли: великий князь, боярская дума, путные бояре. На местах правосудие вершили вначале наместники и волостели, а с середины ХVI в. – губные избы. В ХV веке функции центральных и местных судов разделились. Центральные суды стали рассматривать жалобы на приговоры местных судов. Церковный и вотчинный суды действовали по особым правилам В них сохранялись прежние порядки.

Церковный суд осуществлялся через епископов, которые назначались митрополитом или государем. Во главе монастырских судов стояли игумены. Церковному суду были подсудны церковные крестьяне, монахи и белое духовенство, а также семейные споры. Судебное законодательство опиралось на нормы церковного права, изложенные в Номоканоне, Кормчей книге и Правосудье митрополичьем.