Описанные выше таможенные режимы позволяют решать многие практические задачи организации перемещения товаров через таможенную границу РФ. Однако в процессе ведения ВЭД всё-таки могут возникать частные случаи, когда использование рассмотренных выше таможенных режимов не может обеспечить желаемого результата. Для регулирования порядка и условий перемещения товаров в таких частных случаях ТК РФ установлены специальные таможенные режимы.

Анализ норм ТК РФ позволяет выделить три общие черты, характерные для всех специальных таможенных режимов.

Во-первых, в случае использования специальных таможенных режимов имеет место полное или условное освобождение от уплаты таможенных пошлин и налогов.

Во-вторых, в отношении товаров, помещённых под специальные таможенные режимы, не применяются запреты и ограничения экономического характера.

В-третьих, при помещении товаров под специальные таможенные режимы не применяется практика возврата уплаченных сумм таможенных пошлин, налогов, а также практика освобождения от уплаты, возврата или возмещения внутренних налогов.

Рассмотрим особенности применения отдельных разновидностей специальных таможенных режимов.

Временный вывоз — таможенный режим, при котором товары, находящиеся  в свободном обращении на территории РФ, могут временно использоваться за её пределами с полным условным освобождением от уплаты таможенных пошлин и без применения запретов и ограничений экономического характера.

Особенностью временного ввоза является то, что под этот режим могут быть помещены только российские товары. Этим данный режим отличается от режима реэкспорта.

Полное условное освобождение от уплаты таможенных пошлин заключается в том, что вывозимые товары не будут облагаться таможенными пошлинами при условии их возврата на территорию РФ. При невозвращении товаров уплачиваются суммы вывозных таможенных пошлин, исчисленных исходя из таможенной стоимости и количества при их вывозе. С указанных сумм также должны быть уплачены проценты по ставкам рефинансирования Банка России, как если бы в отношении этих сумм была предоставлена отсрочка.

Коммерческие организации, как правило, применяют режим временного вывоза для организации своих экспозиций на международных выставках, проводимых за рубежом.

Беспошлинная торговля — таможенный режим, при котором иностранные товары, ввезённые на территорию РФ, или российские товары продаются в розницу физическим лицам, выезжающим за пределы РФ. Реализация товаров, помещённых по режим беспошлинной торговли, происходит в специально отведённых для этого помещениях (как правило, в специальных магазинах, открываемых в международных портах).

Перемещение припасов — таможенный режим, под который помещаются следующие виды товаров:

§ товары, призванные обеспечивать нормальную эксплуатацию и техническое обслуживание в процессе международной перевозки морских, речных, воздушных судов и поездов;

§ товары, предназначенные для потребления пассажирами либо членами экипажа на борту морских, речных, воздушных судов либо пассажирами поездов и работниками поездных бригад;

§ товары, предназначенные для продажи пассажирам и членам экипажа морских, речных, воздушных судов и поездов без цели потребления этих припасов.

Действующее законодательство не даёт чёткого определения иным специальным таможенным режимам. Однако в ТК РФ указывается, что под эти режимы могут помещаться товары, перечень которых приводится ниже:

§ товары, вывозимые с таможенной территории РФ с целью обеспечения работы посольств, консульств, представительств при международных организациях;

§ товары, перемещаемые через таможенную границу между воинскими частями РФ;

§ товары, перемещаемые через таможенную границу и предназначенные для предупреждения и ликвидации стихийных бедствий и чрезвычайных ситуаций;

§ товары, вывозимые в государства — бывшие республики СССР и предназначенные для обеспечения деятельности расположенных на их территориях российских лечебных, спортивно-оздоровительных и иных учреждений социальной сферы;

§ товары, перемещаемые между таможенными органами через территорию иностранного государства.

Конкретные требования и условия помещения товаров под иные специальные таможенные режимы определяются Правительством РФ.