Высшим судебным органом государства был царский суд. Обращаться к царю, минуя низшие судебные инстанции, запрещалось. Виновные в нарушении этого положения наказывались. Царский суд и Расправная палата при Боярской думе разбирали дела только лиц из высшего сословия.

Были созданы специальные приказы: Земский, Разбойный, Сыскной, Холопий, Поместный. Приказные казначеи фактически держали в своих руках развитие московского законодательства, так как именно они формулировали и редактировали тексты законов на основе норм царского «приговора».

Судебными правами обладали губные и земские избы и воеводы. Волостные крестьяне избирали из своей среды судей, которые разбирали незначительные иски по гражданским делам.

Вотчинные суды осуществляли суд над крепостными крестьянами по гражданским и мелким уголовным делам.

В Судебнике 1550 г. было зафиксировано требование об участи «судных мужей» при судебных разбирательствах, которые были призваны контролировать судебные решения.

К церковным судам относились суд митрополита, а с 1589 г. суды патриарха и патриарших приказов, на местах – суды архиереев и десятильников.