При перевозке товаров в соответствии с внутренним таможенным транзитом перевозчик в соответствии с требованиями ст. 88 ТМК РФ обязан:

· доставить товары и документы на них в уста­новленные таможенным органом отправления сроки в место доставки товаров, следуя по определенным маршрутам, если они установлены или заявлены;

· обеспечить сохранность товаров, таможенных пломб и печатей либо иных средств идентификации, если они использовались;

· не допускать перегрузку, выгрузку, погрузку и иные грузовые операции с товарами без разрешения таможенных органов, за исключением случаев, когда перегрузка товаров на другое транспортное средство может быть осуществлена без повреждения наложенных таможенных пломб и печатей.

Ответственность перевозчика и экспедитора при внутреннем таможенном транзите регламентирована нормами ст. 90 ТМК РФ. В случае недоставки иностранных товаров в таможенный орган назначения перевозчик или экспедитор (если разрешение на внутренний таможенный транзит получено экспедитором) обязан уплатить ввозные таможенные пошлины, налоги в соответствии с Таможенным кодексом РФ. Если товары переданы перевозчиком получателю или иному лицу без разрешения таможенного органа, лицо, получившее указанные товары во владение, несет ответственность за уплату таможенных пошлин, налогов, если будет установлено, что при получении таких товаров это лицо знало или должно было знать о нарушениях таможенного законодательства Российской Федерации.

Перевозчик и экспедитор не несут ответственность за уплату таможенных пошлин, налогов в случае, если товары уничтожены либо безвозвратно утеряны вследствие аварии, действия непреодолимой силы или естественной убыли при нормальных условиях перевозки (транспортировки). Таможенные органы не вправе предъявлять перевозчику или экспедитору требование об уплате таможенных платежей на том основании, что перевозка осуществлялась не по определенным маршрутам или были нарушены установленные сроки внутреннего таможенного транзита, если иные условия и требования таможенного транзита выполнены.

В случае перегрузки товаров с одного транспортного средства на другое транспортное средство ответственность за уплату таможенных пошлин, налогов несет перевозчик (экспедитор), получивший разрешение на внутренний таможенный транзит.

При перевозке товаров железнодорожным транспортом в соответствии с внутренним таможенным транзитом ответственность за уплату таможенных пошлин, налогов несет железная дорога, утратившая товары либо выдавшая их без разрешения таможенного органа. Требование об уплате таможенных платежей предъявляется таможенными органами железной дороге назначения. Данное правило не распространяется на случаи, если разрешение на внутренний таможенный транзит выдано экспедитору, а также на случаи перевозки товаров в прямом смешанном сообщении, если разрешение на внутренний таможенный транзит выдано перевозчику другого вида транспорта.