Эффективность природоохранных затрат оценивается по общепринятой методике оценки эффективности любых затрат: как отношение достигнутого результата (эффекта) к объему затрат, при этом наиболее сложно оценить экологический эффект в стоимостном выражении. Поскольку эти затраты обеспечивают так же экологический и социальный результат, то при оценке их эффективности они могут быть определены в комплексе.

Показатель эффективности природоохранных затрат определяется как отношение полного экологического, экономического и социального эффектов от природоохранных мероприятий к объему затрат, связанных с их проведением.

В систему показателей эффективности затрат экологического  назначения входят: 1) показатели эффективности капитальных затрат (инвестиций); 2) показатель эффективности текущих затрат; 3) показатели эффективности общего объема приведенных затрат.

В связи со сложностью определения суммарного эффекта единовременных и текущих затрат, а также в интересах оценки эффективности затрат на тот или иной вид природоохранной деятельности с учетом специфики компонента окружающей среды рассчитываются частные показатели эффективности экологических затрат различного назначения и направления.

Определение суммарного эффекта, включает следующие эффекты: экологический (улучшение качества компонента природной среды, снижение отходов, потерь и загрязнения и др.), социальный (улучшение здоровья и условий труда и отдыха, рост, продолжительности жизни др.), а также экономический (снижение материалоемкости производства, затрат на добычу минеральных и др. ресурсов, на хранение отходов и их обезвреживание и др.), что является необходимой предпосылкой оценки эффективности природоохранных затрат.

Изменение затрат экологического назначения и их эффективность определяется внешними, по отношению к природопользователю, и внутренними (производственными) факторами. К внешним факторам относятся общая экономическая и экологическая ситуация, проведение комплекса средозащитных мероприятий, улучшающих общую экологическую ситуацию, изменение численности населения, развития науки и техники, в том числе природоохранной индустрии и др. К внутрипроизводственным фактором относятся степень безотходности применяемых технологий и экологической  чистоты производства, количество отходов производства, загрязнения компонентов окружающей среды и их уровень по сравнению с ПДК и др.

Система показателей результатов природоохранной деятельности должна быть дополнена показателями социально-экономических результатов, если от природоохранных затрат достигнут не только экологический эффект, который является главной целью этой деятельности, но и экономический, и социальный, которые в данной деятельности являются неизменными  «побочными» ее эффектами, сбрасывать которые со счетов при оценки эффективности природоохранных затрат нельзя.

Наряду с обобщающим показателем эффективности экологических затрат (Э), рассчитываемым как отношение суммарного экологического результата (Р_эколог), экономического результата  (Р_эконом) и социального результата (Р_соц) к вызвавшим их экологическим затратам (З), рассчитываются показатели каждого составляющего, т.е.:

Э_эк = SР_эк  / З ,     Э_экон= SР_экон  / З ,     Э_эк= SР_соц/ З .

Экологическая эффективность средозащитных затрат определяется путем отнесения величины экологических результатов к вызвавшим их затратам. Экологические результаты рассчитываются по разности показателей состояния окружающей среды до и после  проведенных мероприятий. Их характеристика в стоимостном выражении связана с решением проблем экономической оценки природных ресурсов.

Социальная эффективность средозащитных затрат измеряется отношением обобщенного показателя, выражающего социальный эффект, к затратам, обеспечившим его достижение. Социальный результат определяется по разности показателей, характеризующих изменения в социальной сфере в результате осуществления средозащитных  мероприятий.

Экономическая эффективность определяется отношением достигнутого экономического эффекта к объему природоохранных  затрат.

Экологический и социальный эффекты (результаты) используются для определения фактического уровня и нормативов показателей затрат, необходимых для достижения установленной величины снижения вредных выбросов и поддержания заданного состояния окружающей среды, а также для расчета эффектов в денежном выражении (предотвращения загрязнения, сохранение генетического фонда животных и растений; сохранение эстетической ценности природных ландшафтов, памятников природы и т.п.). Примером достигнутого комплексного экономического и социального эффектов может служить снижение заболеваемости  населения в регионе в результате проведения природоохранных мероприятий.

Чистый экономический эффект определяется сопоставлением средозащитных затрат с затратами, которые предотвращаются благодаря ликвидации или уменьшению загрязнения окружающей среды, а также со стоимостью дополнительно получаемой продукции (для многоцелевых средозащитных мер).

Общий эффект включает в себя частные, как эффект по повышению производительности труда работников в условиях улучшенного состояния природной среды, а также в результате сохранения эстетической ценности природного ландшафта, улучшения эстетической ценности природного ландшафта, улучшения состояния рекреационной зоны; эффект от предотвращения (сокращения) потерь сырья, топлива, основных и вспомогательных материалов, твердых отходов и т.д.; эффект от более продуктивного использования основного производственного оборудования в условиях улучшенной природной среды и многие другие. Частные экономические эффекты, в свою очередь, определяются рядом параметров, часть из которых связана с природоохранной деятельностью опосредованно, что затрудняет выражение такой связи количественно.