В соответствии с действующим законодательством исключительное право на проведение государственной экологической экспертизы предоставлено Министерству природных ресурсов РФ и его территориальным органам, в составе которых действуют специальные экспертные подразделения. Федеральный орган осуществляет проведение экспертиз объектов федерального уровня /20, ст. 11/, территориальные органы – уровня субъектов РФ /20, ст. 12/.

Заказчик документации представляет в соответствующий орган материалы в составе, предусмотренном статьей 14 /20/. Должностное лицо государственного органа проверяет комплектность поступившей документации, определяет сложность объекта экологической экспертизы и в зависимости от сложности – срок и стоимость ее проведения. Срок проведения государственной экологической экспертизы не может превышать 6 месяцев. Проведение экспертизы осуществляется за счет заказчика.

Затем формируется экспертная комиссия, подготавливается техническое задание для каждого эксперта.

В соответствии с заданием эксперты изучают представленные материалы, анализируют заключение общественной экологической экспертизы (если таковая проводилась), поступившие предложения органов местного самоуправления, общественных организаций, граждан. При необходимости эксперты могут выезжать на место намечаемой деятельности для получения дополнительной информации, могут затребовать у заказчика представления дополнительных материалов. По результатам работы каждый из экспертов подготавливает индивидуальное экспертное заключение, на основе которых уже составляется заключение экспертной комиссии.

Заключение государственной экологической экспертизы (за исключением экспертизы нормативно-правовых актов) может быть положительным или отрицательным. Положительное заключение должно содержать выводы о соответствии намечаемой деятельности требованиям экологического законодательства, о допустимости намечаемого воздействия на окружающую среду, о возможности реализации объекта экспертизы. Отрицательное заключение может содержать выводы двух видов:

а) о необходимости доработки представленных материалов по замечаниям и предложениям, изложенным в заключении;

б) о недопустимости реализации объекта экспертизы ввиду необеспеченности соблюдения требований экологической безопасности намечаемой деятельности.

Заключение должно быть одобрено квалифицированным большинством голосов, т.е. двумя третями от списочного состава экспертной комиссии и подписано всеми экспертами. Эксперт, не согласный с принятым заключением, может сформулировать особое мнение, которое излагается в записке, прилагаемой к заключению. Если эксперты не могут прийти к единому выводу, сроки проведения экспертизы продляются, в состав комиссии включаются дополнительные эксперты.

Если и после истечения продленного срока комиссия не может прийти к единому мнению, экспертиза считается завершенной без результата. Экспертиза проводится заново, все заключения и особые мнения принимаются к сведению. Следует отличать такие случаи от проведения повторной экспертизы. Основаниями проведения повторной экспертизы являются:

- доработка материалов по замечаниям и предложениям экспертной комиссии;

- изменение условий природопользования;

- реализация объекта экспертизы с отступлениями от ранее принятых решений, получивших положительное заключение государственной экологической экспертизы;

- истечение срока действия положительного заключения;

- решение суда о признании заключения экспертизы незаконным.

Повторная экологическая экспертиза проводится экспертной комиссией, как правило, в первоначальном составе.

Принятое экспертной комиссией заключение утверждается руководителем МПР РФ (территориального органа), с этого момента оно приобретает юридическую силу. Руководитель имеет право не утверждать заключение в случаях:

а) нарушения процедуры проведения экологической экспертизы;

б) несоответствия выводов заключения замечаниям экспертов.

Положительное заключение государственной экологической экспертизы является одним из обязательных условий финансирования и реализации проекта. Несоблюдение требований обязательного проведения государственной экологической экспертизы, проекта международного договора является основанием для признания недействительными эти документы. Заключение экспертизы по проектам нормативно-правовых актов рассматривается принимающими эти акты органами государственной власти.