Институциональная структура РЭП за годы реформ полностью изменилась и еще не вполне стабилизировалась. На федеральном уровне исполнительной власти задачи РЭП осуществляет значительное число министерств и ведомств. Только в 1998 – 1999 гг. функционировало профильное Министерство региональной политики, которое по составу полномочий являлось в большей степени не головным, а координирующим органом. До указанного периода профильное министерство отвечало также за национальную политику и развитие федеративных отношений. В мае 1999 г. Министерство региональной политики было преобразовано и вместо него действует Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики. Важные задачи РЭП (по своим направлениям) выполняют Министерство финансов, Министерство экономического развития и торговли, Министерство имущественных отношений, Министерство природных ресурсов, Министерство труда и социального развития, Государственный комитет по строительству и жилищно-коммунальному комплексу и др. В аппарате Правительства РФ действует специальный департамент, занимающийся вопросами регионов. Большинство указанных и других федеральных органов имеют в регионах свои представительства, обеспечивающие реализацию федеральной политики.

Государственные институты субъектов федерации взаимодействуют с федеральными органами в соответствии с существующим распределением прав и полномочий в различных сферах. Субфедеральная региональная политика не имеет четко выраженной специальной институциональной структуры и практически опирается на все институты государства в регионах и органы местного самоуправления. Имеются существенные различия структур государственного управления в республиках, краях и областях, автономных округах. Новой для России организационной формой регулирования регионального развития являются ассоциации экономического взаимодействия субъектов Российской Федерации. Они стали образовываться на добровольной основе с 1990 г., и в настоящее время существует 8 межрегиональных ассоциаций, покрывающих всю территорию России.

Основная деятельность указанных ассоциаций ведется по направлениям:

1) координации усилий региональных властей по социально-экономической стабилизации и развитию макрорегиона; осуществления интеграционной политики в масштабах данного макрорегиона;

2) диалога с федеральными властями на коллективной основе по широкому кругу вопросов; оказания влияния на Правительство при решении вопросов об экономических правах территорий, о выделении ресурсов для регионального развития и др.

Первоначальные опасения, что межрегиональные ассоциации могут стать плацдармами регионального сепаратизма и могут привести к образованию независимых республик (Дальневосточной, Сибирской и др.), практически рассеялись, но интеграционный потенциал межрегиональных ассоциаций накапливается и используется чересчур медленно. В декабре 1999 г. вступил в действие федеральный закон «Об общих принципах организации и деятельности ассоциаций экономического взаимо­действия субъектов Российской Федерации». Статус ассоциации определяется, как некоммерческой организации, учредителями которой являются органы государственной власти субъектов Российской Федерации и которая создается на добровольной основе в целях межрегиональной интеграции и социально-экономического развития субъектов Российской Федерации. В законе подробно излагаются принципы деятельности, характер взаимодействия ассоциации с федеральными и региональными органами государственной власти, орга­нами местного самоуправления. Кроме восьми названных межрегиональных ассоциаций, образованы Межрегиональная ассоциация экономического взаимодействия регионов Севера, Ассоциация автономных округов, Союз городов и др. Их деятельность более специализирована.

С целью координации деятельности по государственному регулированию регионального развития в 1990-х гг. образовывались правительственные комиссии во главе с вице-премьером Правительства РФ, в состав которых включались представители федеральных министерств и ведомств, депутаты Государственной Думы, руководители ассоциаций экономического взаимодействия и ученые. Председатели и состав этих комиссий неоднократно менялись, но в периоды между реорганизациями ни одна комиссия не смогла провести ни одного рабочего заседания.

В институциональной структуре государственной региональной политики пока слабо выражена проектно-экспертная часть. Отсутствуют поддер­живаемые государством специализированные агентства и консультационные организации наподобие ДАТАР (делегации по обустройству территории и региональному развитию) и СИАДТ (межведомственного комитета по обустройству и развитию территорий) – во Франции, Агентства по строительству и пространственному планированию и Консультативного комитета по пространственной организации – в Германии, Национальной ассоциации региональных советов – в США.

В целом деятельность многочисленных научных и проектных организаций в России в настоящее время не объединяется общей программой научного обеспечения РЭП, а консолидация институциональной структуры РЭП является важным условием повышения ее эффективности.