Реки края относятся к бассейнам Северно–Ледовитого и Тихого океанов. Всего в крае насчитывается 210 тыс. рек и 58,3 тыс. озер с общей площадью водного зеркала более 4 тыс. км².

Наиболее крупные реки – Амур, Уссури, Амгунь, Бурея, Уда, Угур, Мая с Юдомой, Иня, Улья, Охота, а среди озер – Болонь, Эворон, Чукчагирское, Удыль, Орель. Ресурсы поверхностных вод в крае весьма значительны. Годовой сток его рек составляет 277 км³/год. Внутригодовое распределение стока изменчиво, основная масса осадков выпадает во второй половине лета. Зимний сток, формирующийся за счет подземных вод, не превышает 5 %, а в отдельных реках – менее 1 % от годового. В июле – августе на реках формируются паводки. Озера в основном пойменные и термакарстовые. Все крупные озера мелководны (1 — 4 м), а некоторые из них и большинство пойменных зимой из-за снижения уровня воды и промерзания значительно сокращаются по площади. Широко распространены болота, разнообразные по типологическому составу: травянистые развиваются в поймах рек, переходные – на подпойменных террасах, пологих склонах. Для таежной зоны характерны верховые сфагновые болота на высоких террасах широких долин, на пологих склонах, на приморских равнинах, с широко выраженным торфяным горизонтом.