Из основных причин, влияющих на сокращение запасов рыб, необходимо назвать общее загрязнение водотоков, сокращение нерестовой и нагульной площадей в результате загрязнения, рубки лесов по ключам; золотодобычу в руслах водотоков, пожары. Отрицательным фактором является и браконьерство. Для многих амурских рыб отрицательную роль в воспроизводстве играют и гидрологический режим Амура, обсыхание нерестилищ и зимние заторы.

Река Амур является основным источником водоснабжения города и выполняет роль приёмника сточных вод. По данным Дальгидромета, качество природной амурской воды за 1998 год осталась на уровне 1997 года и соответствует V классу («грязная»).