Базы и библиотеки данных, используемые в САПР, могут организовываться двумя способами: как прикладные (внутри прикладных программ САПР как часть этих программ) и как системные (общие для всех подсистем САПР).

В первом случае обычно хранение данных организуется по библиотечному принципу, программирование способа хранения данных и доступа к ним выполняется на языке программирования.

Во втором случае данные организуются по прямому, последовательному или индексно-последовательному способу в зависимости от частоты их использования и образуют системную базу данных, допускающую одновременную согласованную модификацию данных, используемых в разных подсистемах САПР.

Основные преимущества системных баз данных состоят в следующем.

Во-первых, данные оказываются независимыми от прикладных программ. Это облегчает разработку прикладных программ, так как программист может не знать полную структуру данных, место их хранения и должен знать лишь способ обращения к базе данных.

Во-вторых, использование разными подсистемами САПР общей базы данных исключает необходимость дублирования данных в разных подсистемах, а также создания специальных информационных стыковочных массивов для передачи данных из одной системы в другую в согласованном общем формате.

В-третьих, системная база данных позволяет легко организовать их защиту, например, от попыток одновременной модификации данных разными пользователями или от несанкционированного доступа к данным, а также организовать контроль правильности запросов пользователей к базе.

Недостатком системных баз данных является большое время получения данных по запросу, связанное с использованием операционных систем (ОС) и поэтому существенно превышающее это время в прикладных базах. Поэтому данные в САПР организуются обычно по двухступенчатому иерархическому методу – имеется долговременная системная база, обслуживающая оперативные прикладные базы данных внутри прикладных программ.