Системное наполнение ППМ представляет собой совокупность программ, которые обеспечивают выполнение заданий и взаимодействие пользователя с пакетом, адекватное дисциплине работы в данной прикладной деятельности. Можно сказать, что системное наполнение организует использование потенциала знаний, заложенных в функциональном наполнении, в соответствии с возможностями, предусмотренными в языке заданий ППМ. Реализация функций системного наполнения ППМ осуществляется на основе согласованного использования:

ü штатных общецелевых средств системного обеспечения;

ü средств системного наполнения, расширяющих и сопрягающих возможности компонентов штатного обеспечения;

ü специальных средств системного наполнения, выполняющих управляющие, архивные и обрабатывающие процедуры с учетом специфики моделирования процесса функционирования системы S.

Язык (языки), на котором пишутся программы системного наполнения пакета, называется инструментальным языком ППМ.

Можно выделить такие ставшие уже традиционными составляющие системного наполнения пакета:

ü резидентный монитор, осуществляющий интерфейс как между отдельными компонентами системного наполнения, так и между ними и штатным программным обеспечением;

ü транслятор  входных  заданий,  формирующий внутреннее представление заданий и реализуемый обычно в виде макрогенератора или препроцессора;

ü интерпретатор внутреннего представления задания;

ü архив  функционального  наполнения (подсистема хранения программного материала);

ü банк данных об объекте моделирования и машинном эксперименте;

ü монитор организации процесса машинного моделирования (взаимодействия модулей по данным и управлению);

ü планировщик процесса машинного моделирования, который определяет   последовательность   выполнения  модулей,   реализующую задание ППМ;

ü монитор  организации  интерактивного  взаимодействия с пользователем (исследователем системы S).