Характерной особенностью является повышенный уровень загрязнения реки Амур на участке г. Хабаровск – г. Комсомольск-на-Амуре. Загрязнение верхнего участка Амура и устьевой части примерно одинаково. Класс качества изменяется от «умеренно загрязненная» до «чрезвычайно грязная». К «умеренно загрязненной» относятся реки Хор, Тунгуска, Силинка (3 класс). К 4 классу «загрязненная» р. Амур и протока Амурская в районе Хабаровска, р. Амур в районе Николаевска-на-Амуре, р. Кия, р. Амгунь. К 5 классу «грязная» — р. Амур в районе Амурска, Комсомольска-на-Амуре, Богородского, р. Подхоренок, р. Сита. К 6 классу «очень грязная» — р. Черная, р. Правая Силинка в районе Солнечного, р. Холдоми. К 7 классу «чрезвычайно грязная» — р. Березовая и р. Правая Силинка в районе п. Горного.