Компетенция таможенных органов – это система властных полномочий, функций и задач, возлагаемых государством на таможенные органы, в их неразрывной связи между собой. Государство предоставляет таможенным органам определенные полномочия для выполнения возложенных на них функций и решения поставленных перед ними задач. Полномочия таможенных органов складываются из совокупности их прав по отношению к управляемым объектам и обязанностей перед личностью, обществом и государством. Никакие иные государственные органы не вправе принимать решения по вопросам, отнесенным к компетенции таможенных органов.
Реализация компетенции таможенных органов осуществляется в различных правовых формах: путем правоприменения и правоохраны, правоустановления (издания нормативно-правовых актов) в сфере таможенного дела. Таможенные органы во исполнение возложенных на них функций и решения поставленных перед ними задач имеют право издавать правовые акты управления ненормативного характера, обязательные для исполнения всеми их адресатами – субъектами-участниками правоотношений, урегулированных нормами таможенного права (государственными и муниципальными органами, организациями и учреждениями, юридическими и физическими лицами, как российскими, так и иностранными).
Правоприменение в деятельности таможенных органов – это властно-регулятивные действия должностных лиц таможенных органов по претворению в жизнь предписаний правовых норм. Правоприменение должно осуществляться в точном соответствии с нормами законодательства, устанавливающих процедуру правоприменительной деятельности, круг субъектов правоприменительной деятельности и другие вопросы. Правоохрана осуществляется таможенными органами путем контроля за соблюдением субъектами таможенных правоотношений требований нормативно-правовых актов, входящих в систему источников таможенного права, и применением к виновным лицам мер юридического воздействия.