Министерство РФ по налогам и сборам представляет собой единую централизованную и независимую систему инспекционных органов, входящую в систему центральных органов государственного управления и осуществляющую контрольные действия по соблюдению налогового законодательства юридическими и физическими лицами, правильности исчисления, полноты и своевременности уплаты налоговых и неналоговых платежей в бюджет и во внебюджетные фонды. МНС РФ состоит из трехуровневой вертикальной структуры подчинения и назначения на руководящие должности. Двойное подчинение имеют только налоговые инспекции по республикам в составе РФ и по г. Москве, подчиняясь МНС РФ и соответствующему правительству.
Структура всех трех уровней МНС РФ по горизонтали организована по функциональному и территориальному признакам. Основными подразделениями налоговых органов являются отделы и секторы. Функциональные управления (отделы, секторы) образованы в зависимости от вида налога (например, управление косвенных налогов), категории плательщика (управление налогообложения физических лиц), сферы деятельности (управление налогов и сборов от внешнеэкономической деятельности), формы собственности (налогообложения негосударственных организаций), объема платежей и пр. Структура налоговых органов постоянно совершенствуется, исходя из задач и направлений деятельности, определяемых Президентом и Правительством РФ в соответствии с программой социально-экономического развития и финансовой стабилизации.
Основными задачами МНС РФ являются контроль соблюдения налогового законодательства и проверка правильности исчисления, полноты и своевременности внесения в соответствующий бюджет налогов и других платежей, установленных законодательством РФ, субъектов Федерации и местных органов власти.
Для усиления контроля соблюдения налогового законодательства по опыту ряда зарубежных стран в России в 1993 г. впервые создан на правах государственного комитета Департамент налоговой полиции РФ. Он был создан на базе Главного управления налоговых расследований при ГНС РФ и получил статус самостоятельного органа в соответствии с Законом РФ «О федеральных органах налоговой полиции» № 5238-1от 24.06.93 г. Постановлением Правительства РФ № 1037 от 11.10.93 г. было утверждено «Положение о Департаменте налоговой полиции РФ». Федеральным законом «О внесении изменений и дополнений в Закон РФ «О федеральных органах налоговой полиции» и Уголовно-процессуальный кодекс РСФСР» № 200-ФЗ от 17.12.95 г. статус налоговой полиции был определен как Федеральная служба налоговой полиции РФ (ФСНП РФ).