Особую форму финансирования в научной сфере представляет система академий наук, сложившаяся в советское время. В современных условиях государственный статус Российской Академии наук (РАН) и отраслевых академий, их роль в формировании и прове­дении государственной научно-технической политики в области фундаментальных наук закреплены в Федеральном законе «О нау­ке и государственной научно-технической политике». Под государственным статусом академий подразумевается то, что академии учреждаются федеральными органами государствен­ной власти, финансируются за счет федерального бюдже­та, наделяются правами управления своей деятельности и иму­ществом. Отраслевые академии наук — самоуправляемые организации, проводящие фундаментальные и прикладные науч­ные исследования в соответствующих областях науки и техники, участвующие в координации научных исследований.

Согласно Федеральному закону «О науке и государст­венной научно-технической политике», научной организацией признается юридическое лицо вне зависимости от организационно-правовой формы и формы собственности, а также общественное объединение научных работников, которое осуществляет в качестве ос­новной научную, научно-техническую деятельность, под­готовку научных работников и действует в соответствии с уч­редительными документами научной организации. Кроме данного закона, регулирующего общие вопросы организации научной и научно-технической деятельности в Рос­сии, имеются законы, в которых регулируются конкретные виды научной деятельности, например: Федеральный закон «О государст­венной политике в области генно-инженерной деятельности», За­кон РФ «О селекционных достижениях».

Для получения действующих льгот научная организация должна иметь государственную аккредитацию, поря­док которой определяется Правительством РФ. В зако­не установлены основные условия аккредитации: наличие на­учной деятельности не менее 70 % общего объема выполняемых организацией работ и пре­дусмотренный уставом организации Ученый совет в качестве одного из органов Управления. Правительство РФ и органы исполнитель­ной власти субъектов РФ, учредившие госу­дарственные научные организации, могут устанавливать обязательный заказ на выполнение научных исследований и экспери­ментальных разработок.

Научные организации, ведущие фундаментальные научно-тех­нические разработки, в большинстве являются некоммер­ческими организациями и их деятельность во многом определяется Фе­деральным законом «О некоммерческих организациях». В тексте закона при перечислении целей деятельности некоммерческих ор­ганизаций упоминается и научная деятельность как одна из возмож­ных форм деятельности.