Царствование Алексея Михайловича по времени совпадает с церковным расколом. Раскол произошел из-за проводимой патриархом Никоном реформы, которая была направлена на исправление ошибок в церковных книгах, при написании икон и приведении богослужения в соответствие с канонами греческой веры. Программу реформы вначале активно поддержал царь. Проблема началась, когда встал вопрос о выборе образцов, по которым должно производиться исправление. Общество разделилось на две группы, возглавляемые патриархом Никоном и протопопом Аввакумом.

Сторонники протопопа Аввакума считали, что образцами должны стать древнерусские книги, не подвергавшиеся исправлению подобно греческим после падения Византийской империи. Сторонники Никона считали, что за образцы надо брать греческие оригиналы священных текстов. Восторжествовала точка зрения Никона, которую поддержал церковный Собор с участием восточных патриархов. Не признавшие реформу стали называться стар

ообрядцами. Среди старообрядцев встречаются все слои населения: бояре, дворяне, стрельцы, посадские и крестьяне. Нельзя исключить и тот факт, что, выступая в защиту старой веры, народные массы выражали протест против усиливающейся эксплуатации.

Церковный собор 1666 – 1667 гг. объявил проклятие всем старообрядцам и предал их суду гражданских властей. Протопопа Аввакума отправили на костер. В Соловецком монастыре произошло восстание. Там монахи отказались принять исправленные книги. Осада монастыря продолжалась восемь лет. Тысячи крестьян и жителей посада, увлеченные страстными проповедями, бежали на Приморский Север, в Заволжье, на Урал, в Сибирь, где основывали старообрядческие поселения.

Патриарх Никон стал называть себя «великим государем», демонстративно подчеркивая превосходство церковной власти над светской. Алексей Михайлович хотя и был глубоко религиозным человеком, однако не мог не замечать честолюбивых замыслов патриарха, ущемляющих светскую власть. Их отношения сильно охладели. Никон под предлогом того, что царь перестал посещать службы патриарха, публично отрекся от патриаршества и удалился в монастырь, ожидая реакции царя. Восемь лет длилась между ними тяжба, и только в 1666 г. церковный Собор с участием восточных патриархов низложил Никона. Бывший патриарх был отправлен в монастырь простым монахом. После принятия Соборного уложения 1649 г. позиции церкви значительно пошатнулись.