Высшей судебной инстанцией был царь, который утверждал наиболее важные и сложные дела, поступавшие из сената, а иногда и единолично рассматривал дела. Например, дело о стрелецком бунте, когда Петр приговорил к смертной казни около двух тысяч стрельцов.

Следующей судебной инстанцией был Сенат. Его суду подлежали должностные преступления высших чиновников. Кроме того, Сенат рассматривал апелляции по делам, рассмотренным Юстиц-коллегией Юстиц-коллегия являлась апелляционным судом по отношению к губернским надворным судам и управляла всеми судами империи. Судебные функции по отношению к своим чиновникам выполняли и другие коллегии.

В губерниях были образованы надворные суды, в городах действовали нижние суды. Они рассматривали несложные уголовные и гражданские дела. Более серьезные дела передавались в надворные суды с изложением мнения низших судов.

В 1718 году в связи с делом царевича Алексея была образована Тайная канцелярия, которая ведала судебными делами.