Война потребовала перестройки всей жизни страны на военный лад. Двадцать второго июня 1941 г. был принят указ Президиума Верховного Совета СССР «О военном положении». Двадцать третьего июня образована Ставка главного командования. С 8 августа она стала называться Ставкой Верховного Главнокомандования, а И.В. Сталин был назначен на пост Верховного Главнокомандующего. Тридцатого июня 1941 г. был создан Государственный комитет обороны (ГКО). Председателем ГКО назначен И.В. Сталин. Несмотря на то, что все конституционные органы власти – Верховный Совет СССР, Президиум СНК СССР, наркоматы – продолжали действовать, вся реальная власть сосредоточилась в ГКО. Он издавал постановления, имевшие силу законов военного времени.
Все партийные, комсомольские, военные организации и все граждане СССР были обязаны беспрекословно выполнять решения и распоряжения ГКО. Он осуществлял общее руководство народным хозяйством в интересах военного производства, руководил Вооруженными силами, их управлением, принимал меры по обеспечению общественного порядка и безопасности, создавал в случае необходимости специальные комитеты и управления по делам военно-хозяйственного и оборонного строительства в СССР.
В 1941 – 1942 годах ГКО создал во многих городах прифронтовой зоны местные комитеты обороны. Они состояли из председателя (секретаря горкома или обкома партии), заместителя (председателя исполкома облсовета или горсовета), командующего фронтом, члена Военного совета округа, представителя НКВД. Комитеты обороны осуществляли свои функции в тесном контакте с местными Советами и общественными организациями. За годы войны ГКО издал до 10 тысяч постановлений и распоряжений по самым различным вопросам хозяйственной жизни, государственного управления и военного строительства. Решения ГКО быстро проводились в жизнь партийными организациями, государственным аппаратом и общественными организациями.
Для достижения победы требовалось непрерывное пополнение армии и флота многочисленными и хорошо обученными боевыми резервами. Для того чтобы подготовить такие резервы, ГКО принял решение с 1 октября 1941 г. ввести всеобщее обязательное военное обучение граждан СССР.
В связи с этим в составе Народного комиссариата обороны СССР было создано Управление всеобуча. За годы войны органы всеобуча подготовили почти 10 млн. человек. К обучению привлекали мужчины и женщины в возрасте от 16 до 50 лет.
Уже в самом начале войны произошли изменения во всех органах управления. При СНК были созданы: Совет по эвакуации, Комитет по учету и распределению рабочей силы, Управление по государственному обеспечению и бытовому устройству семей
военнослужащих. В районах, где было введено военное положение, полномочия государственной власти передавались военным советам фронтов. В сентябре 1941 г. был создан народный комиссариат танковой промышленности, а в ноябре – народный комиссариат минометного вооружения.
Одновременно с чрезвычайными органами власти в годы войны функционировали и постоянные конституционные органы: Советы и их исполкомы. Под руководством партии они организовывали массы на выполнение задач, связанных с защитой страны. Сотни тысяч депутатов и несколько миллионов человек из советского актива влились в действующую армию.
В районах, не объявленных на военном положении, деятельность местных Советов протекала в соответствии с конституционными нормами. В освобожденных от оккупации врага районах и в прифронтовой полосе при исполкомах Советов работали комиссии по устройству осиротевших детей и инвалидов войны. При областных, городских и районных Советах создавались отделы по государственному обеспечению и бытовому устройству семей военнослужащих. Эти отделы занимались выдачей пособий и пенсий семьям военнослужащих, их бытовым обслуживанием и правовой защитой, устройством детей в детские дома. В местностях, объявленных на военном положении, деятельность Советов во многом регулировалась законами военного времени и осуществлялась в тесном контакте с военными властями.
Советы развернули огромную работу по мобилизации людских и материальных ресурсов, а также финансовых средств. Они помогали военным органам формировать и обучать пополнение для фронта, строить оборонительные сооружения, снабжать продовольствием и снаряжением армию, создавать местную противовоздушную оборону, налаживать всеобщее воинское обучение населения. В условиях войны значительно повысилась роль сельских Советов по руководству сельским хозяйством.