Амур начинается со слияния Шилки и Аргуни и делится на Верхний Амур (до устья Зеи), Средний (до впадения Уссури) и Нижний (до Амурского лимана). В верховьях это типично горная река, от устья Зеи до Малого Хингана она вновь превращается в горный поток.
Выйдя из гор, река блуждает по широкой долине, образуя протоки, а после впадения Уссури течёт по холмистой, заболоченной в низинах местности. В нижнем течении после Комсомольска Амур снова скользит среди гор.
Верхний Амур от села Покровка до Благовещенска на протяжении около 900 км течёт преимущественно по Амурско-Зейскому плато. С севера и с юга к берегам реки близко подходят отроги горных хребтов (хребты Борщовочный, Большой Хинган). Река причудливо извивается среди крутых, а порой и отвесных берегов. Ближе к Благовещенску берега реки становятся низменными. Она делает замысловатые петли, среди которых особенен находящийся в 140 км выше Благовещенска знаменитый Корсаковский «кривун», протяжённость которого достигает 45 км, тогда как расстояние между началом и концом петли по прямой всего 0,6 км.
Верхний Амур принимает множество мелких притоков; он неширок и неглубок, но течение реки быстрое (6 — 8 км/ч). Много перекатов. Этот участок труден для судоходства, и большие пассажирские пароходы сюда заходят только в период половодья.
Средним Амуром считается участок реки от Благовещенска до Хабаровска. На большей части пути Амур протекает по низменности. Берега низкие, нет резких поворотов и извилин; скорость течения невелика. У Благовещенска Амур принимает крупный, многоводный приток — реку Зею, а ниже Бурею. Затем Амур прорезает Малый Хинган и выходит на Средне-Амурскую низменность. Здесь он принимает два крупных правых притока — Сунгари и Уссури. На среднем Амуре перекатов меньше и глубины вполне достаточные для нормального судоходства. Поэтому от Благовещенска и до устья свободно совершают свои рейсы крупные речные пароходы.
Участок нижнего Амура — от Хабаровска до устья — имеет протяжённость 950 км. Здесь Амур протекает тоже по низменности и имеет характер равнинной реки. Течение реки спокойное, плавное, не более 2 — 3 км/ч, глубина 30 — 40 м. Берега очень низкие, заливные. Лишь в одном месте русло сжимается отрогами Сихотэ-Алиня. На этом участке впадает крупный приток Амура — река Амгунь и множество мелких речек. Имеются довольно крупные пойменные озёра, соединённые с руслом реки, — Болонь, Большое Кизи, Кади, Удыль и др. Устье реки постепенно расширяется и переходит в широкий и мелководный Амурский лиман.
Амур со своими притоками относится к рекам дождевого питания. Поэтому весеннее половодье на реках небольшое, но зато летом, в июле-августе, в период муссонных дождей и обильного таяния снега в горах на реках наступают высокие паводки. Во время сильных дождей уровень рек поднимается быстро, примерно на 15 — 20 и даже на 30 см в час. Часто возникают наводнения, приносящие огромный ущерб народному хозяйству Приамурья. Так, например, уровень воды в Амуре к 1 августа 1928 года у Благовещенска поднялся выше ординара на 848 см. Некоторые улицы города были затоплены и сильно пострадали. Многие населённые пункты и города по берегам Амура и его притоков оказались под водой. Крупные наводнения были на Амуре в 1938, 1943, 1948, 1953 и 1956 годах.
Ледостав на реках амурского бассейна начинается в конце октября и полностью заканчивается в начале или во второй декаде ноября. Вскрытие рек начинается в конце апреля, а в начале мая уже открывается навигация. Навигационный период длится от 150 до 170 дней в различных местах бассейна.
В химическом отношении вода Амура имеет небольшую минерализацию.