Своеобразие паводка, большие колебания уровня воды в летние месяцы наложили отпечаток на водную растительность. В русле реки она представлена очень бедно, слабо развивается и в ряде озёр, связанных с основным руслом. В основном русле и его протоках преобладает лимнантемум (нимфоидес, болотноцветник). Его длинные, лежащие у поверхности стебли легко приспосабливаются к колебаниям уровня воды. В малозатопляемых паводками озёрах и Амурском лимане богато представлены рдесты. Водяной орех тоже неплохо переносит колебания уровня, но его заросли последние годы значительно сократились. Многие ценные виды растений во флоре Дальнего Востока встречаются в последние годы всё реже и реже. Так, резко сокращаются ареалы бразении и оттелии.