Массивная конструкция магнита бетатрона, содержащая большое количество железа, существенно ослабляет неиспользуемое тормозное излучение, которое образуется в результате взаимодействия рассеянных электронов со стенками ускорительной камеры и распространяется во все стороны. Интенсивность и угловое распределение этого излучения существенно зависят от конструкции бетатрона. Подробные данные о выходе неиспользуемого тормозного излучения дают возможность более точно рассчитать защитный кожух бетатрона. Для защиты от неиспользуемого тормозного излучения бетатрона применяется листовой свинец, конструктивно связанный с магнитом. Защите свинцом подлежат в основном те участки излучателя бетатрона, которые не защищены конструкцией магнита. Защитная конструкция бетатрона также включает коллиматор для создания пучка излучения заданной формы.