Место региональной экономики в современной науке необходимо рассма­тривать в двух измерениях. С одной стороны, региональная экономика входит в систему наук о регионах. С другой стороны, региональная экономика принад­лежит системе экономических наук. На Западе в 1950-х годах XX в. сформировалась региональная наука, идеологом и организатором которой стал У. Айзард, иниции­ровавший также создание Ассоциации региональной науки. Это синтетическое научное направление, полностью включающее региональную экономику, стремится изучать регионы как целостные системы, отдавая приоритет междисциплинарным исследованиям. Региональные ученые  могут быть экономистами, географами, социологами, политологами, инженерами, архитекторами, юристами, психологами и т. д., но всех их объединяет общий многоаспектный объект исследований – регионы.

Для обозначения комплекса знаний о регионах используются также термины регионоведение, регионология, регионалистика. В соответствии с типичным определением регионологии ее объектом является регион как относительно самостоятельное целостное природно-социальное явление. Термин «регионалистика» обычно понимается как синтез подходов различных наук к региональным исследованиям. Концепцию единой науки о регионах поддерживает и развивает организованная в 1995 г. Международная академия регионального развития и сотрудничества (МАРС), объединяющая ученых и специалистов из стран Европы, Северной Америки и Азии.

Неотъемлемой частью общей науки о регионах является география, в том числе экономическая география. Дискуссия в советской науке о приоритет­ности экономической географии или региональной экономики окончилась признанием права на существование обеих отраслей знаний, имеющих много общего в предмете и объекте изучения. Региональная экономика затрагивает области других наук о регионе: экономические аспекты демографии, социологии, культурологии, политологии и других наук о человеке и обществе, а также геологии, биологии, экологии и т. д.

Региональная экономика имеет не только собственный предмет и собственный объект изу­чения, она занимается еще и региональными аспектами экономической жизни. В специальной лите­ратуре проводится различие между региональной экономикой и про­странственной экономикой, которое берет начало от фиксирования различий между системами ре­гионов (как дискретными объ­ектами) и пространством (в тер­минах непрерывности). В свою очередь, пространственная экономика (или экономика пространства) как наука трактуется неодно­значно. Существуют особые научные школы пространственной экономики со своим понятийным аппаратом и методами исследований. Неправильно было бы воспринимать региональную экономику как некую мезоэкономику, т. е. стоящую в промежутке между макро- и микроэкономикой. Это неприемлемо уже постольку, поскольку предмет региональной экономики – не комбинация предметов макро- и микроэкономики, а вполне самостоятельный предмет.

Содержание теории региональной экономики определяется предметом этой науки. Как и всякая наука, связанная с наблюдаемыми фактами и практической деятельностью, региональная экономика в своем развитии сочетает индуктивный и дедуктивный подходы получения новых знаний и стремится к соз­данию обобщающих теорий. Такие теории в идеале должны содержать конструктивные объяснения закономерностей и принципов рационализации экономического пространства, развития различных типов регионов, межре­гиональных взаимодействий, размещения видов деятельности и населения. Занимая определенную нишу в системе экономических и региональных наук, регио­нальная экономика ассимилирует широкое множество теоретических знаний.