Федеральные программы регионального развития (ФПРР) в принципе должны разрабатываться не для всех, а только для ограниченного числа проблемных территорий. В отличие от большинства других средств федеральной региональной политики, они нацеливаются на решение не столько текущих (тактических), сколько стратегических задач регионального развития, имеющих общегосударственное значение. Для одних регионов это может быть реструктуризация экономики, для других – преодоление хронической отсталости, активизация полюсов роста, освоение новых природных ресурсов и др. Программы создают федеральным региональным властям долговременные ориентиры для их повседневной управленческой деятельности. В бывшем Союзе ССР  накоплен значительный опыт разработки государственных региональных программ: Урало-Кузнецкий комбинат, Ангаро-Енисейская проблема, Западно-Сибирский нефтегазовый комплекс и др. Научные основы построения таких программ в значительной мере сохраняют свое значение и в настоящее время. Однако условия реализации разрабатываемых программ современного периода качественно иные: отсутствие централизованного планирования и управления, множество собственников и рыночная среда, открытость экономики, возросшая роль региональных и местных властей.

Базовыми методологическими принципами разработки и реализации региональных программ в современных условиях являются:

· комплексность и синхронность целей и задач программы на каждом этапе ее выполнения;

· целевая направленность и системность мероприятий программы;

· вариантная разработка мероприятий программы с учетом неопреде­ленности (альтернативности) условий ее реализации;

· ресурсная обеспеченность программы;

· адресность заданий программы (исполнители, сроки, контрольные показатели и т.п.);

· обеспечение управляемости программы (создание необходимых право­вых, организационных и финансовых механизмов).

Главным нормативным документом регионального программирования является Порядок разработки и реализации федеральных целевых программ, утвержденный Правительством РФ в 1995 г. и уточненный в 1996 г. Инициаторами разработки федеральных программ регионального раз­вития чаще всего выступают администрации субъектов федерации. Обоснования предлагаемой программы включают: формирование важнейших проблем, требующих программной проработки; анализ причин их возникновения; оценку возможной социально-экономической эффективности программы, потребностей в ресурсах и возможных источников их осуществления; рекомендации о составе государственных заказчиков, разработчиков и исполнителей программы.

Решение о разработке федеральной региональной программы прини­мает Правительство РФ и назначает государствен­ного заказчика, несущего основную ответственность за разработку и реали­зацию программы (чаще всего, это Министерство экономики; для особо сложных программ, например, развития Дальнего Востока и Забайкалья, назначается несколько государственных заказчиков, один из которых стано­вится координатором). Государственный заказчик (координатор) определяет разработчиков программы, в том числе головного разработчика, и поручает им подготовку проекта программы на основе исходного задания. Проект программы должен включать:

· цели и задачи программы, конкретизи­рованные качественно и количественно;

· этапы и сроки выполнения программы;

· структуру программы (состав подпрограмм по направлениям: природно-ресурсный и демографический потенциал, развитие основных производств и инфраструктуры, научно-техническое развитие, межрегиональное сотрудничество и внешнеэкономическая деятельность, охрана окружающей среды и др.);

· систему программных мероприятий (по направлениям);

· обоснование финансовых и других затрат;

· расчеты социально-экономической эффективности и оценку эколо­гических последствий;

· характеристику механизмов осуществления программы (необходимые нормативно-правовые и институциональные изменения, систему стимулирования и привлечения финансовых ресурсов, организацию управления программой и контроль над ходом ее выполнения);

· сведения о государственных заказчиках и исполнителях программы.

В процессе подготовки программы разрабатываются, концепция, различные сценарии и прогнозы, применяются разнообразные аналитические методы. После завершения разработки проекта программы госзаказчик орга­низует согласование предусмотренных в нем мероприятий и источников финансирования с федеральными министерствами и ведомствами, органами власти субъектов федерации, предпринимательскими структурами – испол­нителями программы. Проводится экспертиза проекта, а по ее результатам – соответствующая доработка. Комплексная экспертиза проектов крупных прог­рамм осуществляется Экспертным советом при Правительстве РФ.

Для программы, утвержденной Правительством РФ, открывается финансирование из федерального бюджета, а госзаказчик заключает с исполнителями программы государственные контракты на финансирование из бюджетов субъектов федерации и внебюджетных источ­ников. Текущее управление программой осуществляет дирекция, форми­руемая госзаказчиком. Показатели программы должны ежегодно уточняться. Кроме средств федерального и региональных бюджетов, федеральные региональные программы привлекают также взносы участников программы, целевые отчисления от прибыли предприятий, заинтересованных в выпол­нении программы, кредиты банков, средства населения, иностранные инвестиции и др. Предусматривается также возможность создания специальных финансовых фондов.