Можно выделить три источника ошибок моделирования:

1) погрешность моделирования , связанная с неточностью самой ММ;

2) погрешность численного решения  уравнений модели, связанных с применением численных методов;

3) любая реализация численных методов на ЭВМ связана с ошибками округления .

Общая ошибка моделирования будет удовлетворять следующему неравенству:

Если мы находимся в рамках одной ММ, то влиять на первый источник ошибок нет возможности, поэтому такую ошибку часто считают неустранимой. На остальные два источника ошибок можно влиять выбором метода решения и разрядностью представления числе в ЭВМ. Обычно выбор считают приемлемым, если  на порядок меньше , а  порядок меньше .

Пусть точное значение выходной переменной , предсказанной по модели , равно . Ошибка моделирования определяется нормой , в качестве которой наиболее часто используют следующие величины:

,

где b_i – весовые коэффициенты, учитывающие относительную важность i-и точки (увеличение b, приводит при стремлении уменьшить R к уменьшению, прежде всего отклонения в i-й точке, так как это отклонение искусственно увеличено за счет относительно большого значения весового коэффициента);

Относительная ошибка определяется соотношением (обычно точное значение  не известно)